Pada tahun 2000, dilakukan penyelidikan lebih lanjut oleh Komisi Independen Pengusutan Tindak Kekerasan di Aceh yang dibentuk melalui Keppres Nomor 88/1999.  Setelah dilakukan penyelidikan, komisi independen menyatakan sebanyak 39 warga sipil tewas, termasuk seorang anak berusia tujuh tahun, 156 mengalami luka tembak, dan 10 warga sipil dinyatakan hilang. 

Berdasarkan ringkasan eksekutif laporan penyelidikan Komnas HAM terkait pelanggaran HAM yang berat pada peristiwa simpang KKA menyimpulkan pada saat peristiwa simpang KKA , warga yang berkumpul diduga mencapai ribuan orang, dari yang sekedar ikut-ikutan, kebetulan berada di lokasi, ditahan saat melewati  lokasi, dan sengaja datang. Namun di sisi lain akses jalan sudah tertutup oleh kerumunan masa yang berkumpul di Simpang KKA. 

Klasifikasi dan jumlah korban yang teridentifikasi nama-namanya berdasarkan keterangan saksi dalam Berita Acara Pemeriksaan adalah tindak pidana pembunuhan berjumlah 23 korban dan tindak pidana penganiayaan (persekusi) berjumlah 30 korban.

Peristiwa ini merupakan kejahatan terhadap  kemanusiaan dikarenakan sangat jelas  “perbuatan tersebut dilakukan sebagai bagian dari serangan yang  meluas atau sistematis dan serangan tersebut ditujukan secara langsung terhadap  penduduk sipil”. 

Insiden ini terus diperingati masyarakat setempat setiap tahunnya. Sampai sekarang belum ada pelaku yang ditangkap dan diadili atas peristiwa ini.